A través de las salas de exposición, el Museo Arqueológico Provincial de Badajoz presenta una visión del pasado del territorio de la actual provincia de Badajoz desde el Paleolítico Inferior (750.000 a.C) hasta el siglo XVI d.C.

La presentación es cronológica, de modo que cada sala está dedicada a un periodo concreto de la historia. La sala de Medio Físico explica el entorno geográfico y ecológico de la cuenca media del Guadiana, marco donde se desarrollan las culturas de este territorio; además de exponer las poco abundantes piezas paleolíticas y neolíticas halladas en esta provincia. La sala de Prehistoria exhibe el rico conjunto de piezas de época Calcolítica halladas en dólmenes y poblados, además del cambio experimentado la Edad del Bronce con la extensión de la metalurgia. En el piso alto del patio se exponen numerosas Estelas de Guerrero del Bronce Final, piezas de las que este museo tiene la colección más numerosa. En la sala de Protohistoria, junto con objetos representativos del Periodo Orientalizante, se exponen restos hallados en la necrópolis de Medellín y en el santuario de Cancho Roano. La sala dedicada a Roma se articula desde la contraposición entre los restos representativos de la vida en este mundo (ciudades, vida doméstica y economía) y aquellos que representan el más allá (divinidades e inscripciones funerarias). En la sala de Tardorromano se representa la cultura del final del Imperio con la introducción del cristianismo y los cambios operados dentro de la cultura clásica en este momento, complementado por una sala de Arquitectura Visigoda donde se expone una de las mejores colecciones de piezas arquitectónicas decoradas de los siglos VI-VII d.C. Finalmente, dos pequeñas salas representan la Edad Media, la primera dedicada a la cultura andalusí originada con la introducción del Islam, momento en el que Badajoz llegó a ser capital de un reino taifa; la segunda dedicada a este territorio en época Medieval Cristiana, tras su incorporación al reino de León en el siglo XIII, abarcando esta sala hasta el siglo XVI.